曹操在东汉灵帝中平元年过颍川黄巾，在献帝初平三年过白波黄巾与青州黄巾，建安元年，又汝南、颍川黄巾。这些事也还可以具体分析。
黄巾起义是张角所组织领导的。灵帝中平元年（公元184年），张角发动起义，“驰敕四方，一时俱起。旬日之间，天下响应”（《后汉书·皇甫嵩传》）。声势是浩大的。起义军的口号是“苍天已死，黄天当立”。要推翻东汉的腐朽统治而建立新政权，目标是明确的。这是中国古代史中一次伟大的农民起义，但是不到一年就失败了。
当时黄巾起义的罪魁是皇甫嵩、朱隽，尤其是皇甫嵩，他先后了河南、河北的黄巾军，动辄杀戮起义军数万人，甚至十余万人，他是罪过最大的。至于曹操，只是参加了一次颍川黄巾的战役，不过曹操的罪也不能末减。
因为皇甫嵩、朱隽最初攻打颍川黄巾时，是打败了，皇甫嵩退保长社，被黄巾军围困，曹操率兵来救，内外夹击，才打败颍川黄巾，皇甫嵩、朱隽又乘胜而了汝南与陈国的黄巾。假设当时没有曹操的救援，皇甫嵩可能失败，黄巾军将有更大的发展。所以颍川战役关系很大，因此曹操的罪过也是重大的。
张角所领导的黄巾起义失败以后，黄巾的余部还陆续起兵，而情况又有所不同。白波黄巾在灵帝中平五年（188年）起于西河白波谷，但是他们与南匈奴单于的儿子于夫罗联合，“抄略诸郡”（《后汉书·灵帝纪》中平五年、《三国志·魏志·武帝纪》汉献帝初平三年裴注引《魏书》），性质已起变化，这就不能与张角所领导的黄巾起义相比了，因此，曹操之攻打白波黄巾也就与颍川黄巾有所区别。
青州黄巾也是在中平五年起来的。自中平五年（188年）到初平三年（192年），数年之中，东汉政权，已经崩溃，各地军阀，展开混战，青州黄巾拥有百万之众，但并未建立政权，而只是流转各地，经历泰山、渤海诸郡，又转入兖州，“群辈相随，军无辎重，唯以钞略为资”（《三国志·魏志·武帝纪》汉献帝初平三年）。这种作法是不大妥当的。
曹操青州黄巾，固然有罪过，但是他“受降卒三十余万，男女百余万口，收其精锐者，号为青州兵”（《三国志·魏志·武帝纪》初平三年），并没有像皇甫嵩那样大量。至于建安元年曹操所攻打的汝南、颍川黄巾，他们是“初应袁术，又附孙坚”（《三国志·魏志·武帝纪》汉献帝建安元年），已经为军阀所欺骗利用，这也不能与张角所领导的黄巾相比。
总之，我认为曹操数次黄巾起义，应以中平元年帮助皇甫嵩打败颍川黄巾那次罪过为最大，几次情况又有些不同。
单看黄巾起义这一件事情，曹操的罪过是大的。但是我们评论一个历史人物，应当将他生平的活动总括起来，加以衡量，分清主次。曹操能够统一北方，安定局面；施行屯田，兴修水利；裁抑豪强，改善；北征乌桓，减除外患。这许多对于人民有利的事业，应是他平生活动的主要方面，不能因为他曾经过黄巾起义而将这些事业的进步意义贬低。