黄宗羲多才博学，于经史百家及天文、算术、乐律以及释、道无不研究。尤其在史学上成就很大，而在哲学和思想方面，更是一位从“民本”的立场来抨击君主制度者，堪称是中国思想启蒙第一人。他的理想主要集中在《明夷待访录》一书中。
限制君权
《明夷待访录》一书计十三篇，该书通过抨击“家天下”的君主制度，向世人传递了光芒四射的“”精神，这在当时黑暗无比社会环境下是极其难能可贵的。《原君》是《明夷待访录》的首篇。
黄宗羲在开篇就阐述人类设立君主的本来目的，他说设立君主的本来目的是为了“使天下受其利”、“使天下释其害”，也就是说，产生君主，是要君主负担起抑私利、兴公利的责任。对于君主，他的义务是首要的，权力是从属于义务之后为履行其义务服务的。君主只是天下的公仆而已，“古者以天下为主，君为客，凡君之毕世而经营者，为天下也”。然而，后来的君主却“以为天下利害之权益出于我，我以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人”，并且更“使天下之人不敢自私，不敢自利，以我之大私，为天下之大公”，“视天下为莫大之产业，传之子孙，受享无穷”（均见《原君》）。对君主“家天下”的行为从根本上否定了其合法性。
黄宗羲认为要限制君主的权力，首先得明辨君臣之间的关系。他认为：“原夫作君之意，所以治天下也。天下不能一人而治，则设官以治之。是官者，分身之君也。”从本质上来说：“臣之与君，名异而实同”，都是共同治理天下的人。因此，君主就不应该高高在上，处处独尊的地位。就应该尽自己应尽的责任，即为天下兴利除害。否则就该逊位让贤，而不应“鳃鳃然唯恐后之有天下者不出于其子孙”。
至于为臣者，应该明确自己是君之师友，而不是其仆妾，“我之出而仕也，为天下，非为君也；为万民，非为一姓也。”如果认为臣是为君而设的，只“以君一身一姓起见”，“视天下人民为人君囊中之私物”，自己的职责只在于给君主当好看家狗，而置“斯民之水火”于不顾，那么，这样的人即使“能辅君而兴，从君而亡，其于臣道固未尝不背也”，但同样是不值得肯定的。因为“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。”这就是黄宗羲的君臣观。它对传统的“君为臣纲”，“君要臣死，臣不得不死”的封建纲常，无疑是一个有力的冲击。
设立丞相
黄宗羲提出的限制君权的另一主张就是设立丞相。他认为：“有明之无善政，自皇帝罢丞相始也。”这是因为：
第一，“古者君之待臣也，臣拜，君必答拜”，彼此是平等的。“秦汉以后废而不讲。然丞相进，天子御座，在舆为下”，还多少保持着主客的关系。现在罢除了宰相，就再没有人能与天子匹敌了。这样，天子就更加高高在上，更加奴视臣僚，更加专断独行，为所欲为。
第二，按照封建宗法制度的规定，天子传子，但“天子之子不皆贤”；在这种情况下，幸赖宰相传贤而不传子，“足相补救”。可是在罢除宰相之后，“天子之子一不贤，更无与为贤者矣”。这样，势必会给国家和人民带来无穷的灾难。
第三，废除宰相后设立的内阁大学士，其职责只是备顾问以及根据皇帝的意旨批答章奏，内阁没有僚属，没有力事机构，其事权很轻，根本不能与昔日的宰相相提并论，内阁既无实权，而天子又不能或不愿处理政事，于是就依靠一群凶残的宫奴来进行统治，这就出现了明代为害至深且巨的宦官专权。
黄宗羲提出设宰相一人，参加政事若干人，每日与其他大臣一起，在便殿与天子共同议政。章奏由天子批答，“天子不能尽，则宰相批之，下六部施行。更不用呈之御前，转发阁中票拟”；阁中又缴之御前而后下该衙门如故事往返，使大权自宫奴出也。”此外，宰相设政事堂，下分若干房，分管天下庶务；“凡事无不得达”。设立宰相，是一种限制君权过分膨胀的有效措施。但它并不是责任内阁制。因为皇帝仍然大权在握，仍然是名符其实的国家元首。
民本思想
黄宗羲的新民本思想集中体现在其顺治十年（1653年）写下的《留书》和康熙二年（1663年）在《留书》基础上扩充而成的《明夷待访录》。黄宗羲新民本思想的理论结构主要由五个部分构成：
一是模式。他在《留书・封建》篇指出，自秦以来中国“有乱无治”弊病的根源在于秦“废封建之罪”，进而以“托古改制”的方式主张效法古代“封邦建国”的诸侯自治制度，退而求其次，则应效仿唐初设置“方镇”以屏藩中央的制度。这实际上是一种制衡中央集权的地方自治设想。在《明夷待访录》中，黄宗羲破天荒第一次提出了“为天下之大害者君而已矣”的思想命题。他所谓的“天下”指的就是人民（万民）。
这个命题可以概括为“君为民害”论。进而，他又提出了“天下为主，君为客”的思想命题，确认人民是国家的主人，君是由民请出来办事、为民服务的客人，这可以概括为“君客”论。黄宗羲还提出了“君与臣，共曳木之人也”的思想主张，实际上是坚持君臣共治天下的治权平等思想。这一模式显然已经包含了反对君主、主张“”、“民权”的思想内容，因而具有朴素的性。
二是法制模式。黄宗羲以“托古改制”笔法，肯定“三代之法”是“天下之法”，而批评三代以下之“法”为帝王“一家之法”，是“非法之法”，主张用“天下之法”取代“一家之法”，并提出了“有治法而后有治人”的思想命题。这些思想主张，已经明确地包含了天下是人民之天下、应由人民共同治理的民治思想，包含了以万民之公法治理天下的法治思想。
三是经济模式。他对不断加重农民负担、造成“积累莫返之害”的历代封建王朝的赋税制度进行了深刻批判，并提出了一系列有利于发展商品经济和工商业的思想主张，如“工商皆本”的政策主张，“废金银”而“通钱钞”的币制改革主张，“均田”、“齐税”而又不排斥富民占田的“井田制”构想。这些主张虽不免有空想成分，但在客观上顺应了资本主义经济关系产生和发展的历史要求，因而具有启蒙意义。
四是教育模式。黄宗羲特别重视学校的作用，把学校的功能定位为指导、引导的场所，提出“必使治天下之具皆出于学校”、“公其非是于学校”的主张，实际上提出了“以学术指导”的启蒙思想；黄宗羲还力主改革以科举取士的教育制度，提出了培养、选拔人才应坚持“宽于取而严于用”的原则，以及不拘一格选人才的“取士八法”。
五是哲学思维模式。他既继承又超越了前辈王阳明的“心学”思想与乃师刘宗周的“诚意慎独”之学，将王阳明的“致良知”说解释为“‘致’字就是‘行’字”的“行良知”说，将刘宗周立足于至善之“意”的“改过”说发展为基于“工夫”实践的“力行”哲学，提出了“心无本体，工夫所至即其本体”和“必以力行为工夫”的重要哲学命题，还提出了“一本万殊”与“会众合一”辩证统一的认识方。这为纠正当时流行的空虚学风、倡导社会变革提供了新思维。