孙策与袁术决裂后便一心在江东发展自己，因治军严明又有周瑜相助，在24岁的时候便占领了江东六郡，几乎可以说是统一江东了。两年后，抵孙策大败刘磐，任用太史慈，彻底统一江东。
孙策在江东人民的鼓励和支持下，乘胜攻下了吴郡，占领了会稽和其他四个郡，自任会稽太守。从此，他就开始在江东称霸。
年轻有为的孙策是不满足于仅仅占领江东六郡的，他想要渡江与曹操争夺地盘。吴郡太守许贡看出了孙策的心思，就悄悄地派人给曹操通风报信，不料，送信人在渡江的时候被孙策的士兵查出来了，孙策得到报告以后，就想了个办法把许贡骗了来，拉出去杀了。
建安四年（199年），孙策正准备与曹操、董承、刘璋并力讨伐刘表和强弩之末的袁术，军队已经整装待发，但是袁术却得病而死。袁术死后，袁术的部下杨弘、张勋欲投奔孙策，不料却被庐江太守刘勋截击，全体被俘。而袁术的堂弟袁胤、女婿黄猗等人，也慑于曹操的威力，不敢守卫寿春，抬着袁术的棺木，带领袁术的家小和部曲男女，到皖城投奔刘勋。
孙策以谦恭的言辞和丰厚的礼物劝说刘勋攻取上缭，在刘勋成行后孙策率军绕袭刘勋的大本营皖城，一举攻破。又在随后打败了救援刘勋的黄射（黄祖之子）。十二月八日，孙策进至黄祖屯兵的沙羡（今湖北嘉鱼县北）。刘表派侄儿刘虎和南阳人韩晞带领长矛队五千人赶来支援黄祖。十一日，孙策率领周瑜、吕范、程普、孙权、韩当、黄盖等同时进攻黄祖军，最后黄祖只身逃走，其妻妾子女共七人被孙策抓获，刘虎、韩晞并两万余部重被杀，跳水溺死者达一万余人，孙策缴获船只六千余艘，财物堆积如山。
建安五年（200年）初，孙策大败黄祖后东进豫章，驻军椒丘（江西新建县北），对虞翻说：“华歆名闻于世，但绝非我的对手。如果不早归附，将来金鼓一震，战局一开，生灵涂炭，在所难免。你先进城去，把我的意思说给他听。”虞翻领命进城，见到豫章太守华歆，陈明利害，华歆举城投降。因刘繇病故于豫章，孙策顺便将刘繇的灵柩带回归葬，并且带回其遗孤刘基等诸子，这一举动受到了王朗的来信称赞。孙策留中护军周瑜镇守巴丘，派遣太史慈为建昌都尉，治海昏，抵挡刘磐，使刘磐不敢侵扰。
这时袁绍的势力正强大，而孙策又吞并了江东，曹操已无力东顾，叹息说：“难以与他争锋了！”就打算对孙策实行安抚。于是把弟弟的女儿许配给孙策的小弟孙匡，又为儿子曹彰迎娶孙贲的女儿，用礼征召孙策的弟弟孙权、孙翊，并令扬州刺史严象举荐孙权为茂才。
孙策摆脱了袁术的掌控，独自带兵南下，不出几年便夺得了会稽、吴郡、庐陵等江东六郡八十一州，几乎统一了江东，为东吴的发展打下了坚实的基础。可以说他是当时诸侯中发展速度最快，而且是最年轻的创业者，这时的他才24岁而已。而曹操割据兖州的时候就已经38岁，打赢官渡之战统一北方他已然45岁了。刘备就更不用说，获得荆州这块立足之地他都已经快年过半百了。