沈万三在云南边陲度过了一生中最后的岁月，1392年追随张三丰到福泉山修道，后逝于平越，1393年，沈万三仙逝后安葬于福泉山（贵州省福泉市福泉山下，现如今福泉山下仍有沈万三墓）。
明弘治11年(1498年)由其五世孙沈延礼（又名沈安）率子沈博及女沈琼莲将沈万三遗骨从福泉山迁葬江苏周庄银子浜，名水底墓。民间传说，银子浜的尽头有水一泓，下通泉源，旱岁不枯。水下有一个古墓，非常坚固，里面埋葬着沈万三的灵柩。它使今天的人们引发很多思索和启迪。沈万三出生前父辈已经拥有千亩良田，并经营有米店，酒庄等作坊，在当时当地也算得上是一个大富人家。
沈万三出生后取名号为沈仲荣，小名（乳名）沈富，在为其摆满月酒时，其父命人取来文房四宝和金银珠宝让其抓取，沈万三抓起一把翡翠雕刻的小算盘。沈氏的管家即断定此子将来经济成就远远超出父辈。但沈父并不高兴，沈父作为外乡人在与人交往中的人情际遇使其更希望其子将来勤读诗书，求取功名以光宗耀祖。
沈万三在学堂调皮捣蛋无心向学，先生也常常被其作弄，小万三特别亲近其乳娘和管家。管家特别喜欢逗他玩，也在玩的时候教他算术知识，管家并从酒庄取来一空酒坛（陶瓷质），让小万三将零钱放入其中，并建立账本凡存取均需记账，此事小万三做的特别认真，沈万三的理财意识由此形成。管家笑将酒坛取名为聚宝盆，此后沈家人都叫它为聚宝盆。谁也想不到“聚宝盆”这三个字竟影响了沈万三的一生。
无论日后沈万三发迹迁居苏州城还是应朱元璋诏令搬迁南京城，此聚宝盆都一直跟随沈万三，虽不像民间传说那样神奇，但据传沈万三对着聚宝盆就有用不完的生意点子，或叫灵感。后来朱元璋要征用聚宝盆来建南京城，沈万三只好以需要择吉日并斋戒七七四十九天后呈献皇上此盆才灵为由，暗里召集能工巧匠用黄金钻石打造一个聚宝盆，上面采用各种吉祥的图案，总算过了这一关。事后沈万三感言，世间原本就没有聚宝盆，真是成也萧何，败也萧何啊。
财神沈万三尸骨埋在广东省德庆县永丰镇古蓬村委会境内的百册山顶上。埋葬沈万三之前，风水大师赖布衣将该宝地命名为“七星伴月”。埋葬沈万三后，风水大师曾福扬命名该宝地为“百足护珠”。山脚下的村民流传叫“百足含珠”。沈万三的后人称先人坟山为“百足吐珠”。沈万三后人居住德庆县武垄镇，因避朱洪武追杀而大部分改姓为潘，改其他姓的则不详。
《明史》里有好几处提到沈万三，其中一处在大脚马皇后的传记里写得明白：吴兴的富民沈秀，也就是沈万三，帮朱元璋修筑了三分之一的南京城，又请求出资犒劳军队。朱元璋发怒说：“匹夫敢犒劳天子的军队，绝对的乱民，该杀。”马皇后进谏说：“你老婆我听说法律这个东西，是用来诛杀不法之徒的，但不是用来诛杀不祥之人。老百姓富可敌国，是老百姓自己不祥，不祥之民，苍天必然会降灾祸给他，陛下又何必再杀他。”朱元璋听了有些解气，饶过沈万三没杀，把他流放到云南去了。
为了保护家族血脉，沈族隐姓埋名，但为了表示不忘祖。沈家定下了一些祖训：如始终居住在一个屯堡里面；供奉财神即“沈万三”；以藏着密码的族谱排序；世代经商等等。为了保护其余的家族不受牵连，沈家不与另三家通婚；至于四大家族中第四个姓——张，有可能是张士诚的后代，因为历史记载，沈万三和张士诚过从甚密，并一直庇护着张族后人。也许沈家祖先的种种顾虑是对的，100年之中（恰好为5代左右），在江南的沈氏前后遭到数次抄家灭门，沈氏一门逐渐式微。而延续在贵州的这支，却依然十分完整地保存着。甚至，今天，他们的衣着、言谈和举止都带着500多年前的习惯。